这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
看似在过去的心理阴影及独自的别扭思考回路之下讴歌着“独自生活”的比企谷八幡，偶然地被生活指导担当教师平冢静带着加入了「侍奉部」。他和同社团所属的令人窒息的完美美少女·雪之下雪乃，以及班级上位阶级所属的时髦女子·由比滨结衣一同，从解决班上的人际关系问题到给学生会帮忙，度过着解决各种事件的每一天。
操作赛艇的“推进手”与使用水枪攻击对手的“射手”两人一组乘坐摩托赛艇，横越水面的运动“喷射竞速”成为主流的世界。母亲是传说中的推进手，自己也梦想成为喷射竞速选手的波黄凛，离开故乡所在的岛，来到了东京浅草。她在那里遇到了冰山美少女苍井美沙，两人成为了搭档。她们在与对手们展开竞争的同时，也逐渐加深着彼此的牵绊。
