这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
操作赛艇的“推进手”与使用水枪攻击对手的“射手”两人一组乘坐摩托赛艇，横越水面的运动“喷射竞速”成为主流的世界。母亲是传说中的推进手，自己也梦想成为喷射竞速选手的波黄凛，离开故乡所在的岛，来到了东京浅草。她在那里遇到了冰山美少女苍井美沙，两人成为了搭档。她们在与对手们展开竞争的同时，也逐渐加深着彼此的牵绊。
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心怀对同伴的思念，向自己所相信的道路前进！ 经历了与黑暗公会“冥府之门”的激斗，以及与养育之亲“火龙伊格尼尔”的悲哀离别， 纳兹为了变得更强而与伙伴哈比一同踏上修行之旅。 另一方面，“妖精的尾巴”会长马卡洛夫突然下达了公会解散命令，自己也隐藏了行踪。 此后约1年，露西一边做着见习记者的工作，一边收集着散落大陆各处的旧时同伴的情报。 之后，在一年一度的“大魔斗演武”进行取材的某天，结束了修行的纳兹出现在露西面前！ 宣告魔导士公会“妖精的尾巴”的复活，怀着同样的信念，纳兹、露西、哈比的寻找同伴之旅开始了！！
