一心想成为幽灵猎人的天空寺尊于18岁生日时，收到来自十年前亡父生前所寄的幽灵眼魂（Ghost Eyecon）后，来自异世界的怪人——眼魔突如其来地出现在面前并盯上此物，甚至为救青梅竹马月村明里和御成而身亡。得到仙人的帮助之下而获得Ghost驱动器变身，成为假面骑士Ghost并得以九十九日短暂的生命复苏。为收集实现复活愿望的「15位伟人」眼魂，投身于影响世界命运的战斗中。
异世界帕拉尼来袭，和平的拉贝尔遭到攻击。在入侵者伊赛德斯的强攻下，守护拉贝尔的节气守护结界被打破，二十四节气散落失踪。为了拯救拉贝尔，同时也为了解除帕拉尼的黑暗危机，新一代的花仙魔法使者雪城爱与帕拉尼王子埃里克一起，来到地球，收复散落的节气花信。
