一心想成为幽灵猎人的天空寺尊于18岁生日时，收到来自十年前亡父生前所寄的幽灵眼魂（Ghost Eyecon）后，来自异世界的怪人——眼魔突如其来地出现在面前并盯上此物，甚至为救青梅竹马月村明里和御成而身亡。得到仙人的帮助之下而获得Ghost驱动器变身，成为假面骑士Ghost并得以九十九日短暂的生命复苏。为收集实现复活愿望的「15位伟人」眼魂，投身于影响世界命运的战斗中。
Kwazii 和 Dashi 被一种奇怪的深海生物 — — 管水母 — — 缠住了。当喷泉将它喷向水面时，海底小纵队必须阻止它上升，否则它就会爆裂而死亡。
故事发生在一个名叫纳特拉的王国之中，王子维恩（齐藤壮马 配音）在父亲病倒之后，终于独自一人肩负起了治理整个国家的重任。纳特拉实在是太过于弱小了，每天都在遭受周边强国的霸凌和侵略，维恩既没有足够的钱来整顿内政，有没有足够的战力去侵略掠夺别国资源，慢慢的，国内的人才纷纷流落到了其他国家之中。而维恩最大的愿望，就是能够早日卖掉自己的国家，过上闲散的生活。
