石启泰（蓝天 饰）在战乱之中和自己的妻子苏瑞芳（李香琴 饰）走散了，之后，以为苏瑞芳已死的他和千金大小姐荣国碧（罗兰 饰）走到了一起，两人孕育了爱情的结晶，取名为石永熹（任达华 饰）。石启泰深受岳父的信赖和喜爱，岳父将家族药厂永康堂托付给了石启泰一手打理。 一次偶然中，石启泰和苏瑞芳重逢了，这段本就因为误会而错过的感情死灰复燃。苏瑞芳怀孕了，为石启泰生了一个儿子取名为石晖（周润发 饰），就这样，石晖和石永熹，这一对同父异母的兄弟，他们的命运就此纠缠在了一起。
明朝天启年间，奸臣当道，百姓陷于水深火热之中。东林党人意欲铲除宦孽，惨遭灭门之灾，危急时刻忠仆马沙基携幼主顾仁愿逃离危险之地。未曾想，二人却由于顾仁愿身上携带的惊天秘密而陷入更大的危机当中。一路行来，苦难重重，幸得忠良之后的武林中人杨冬晴、花姨等人相助，躲过步步杀机。追捕主仆二人的神机营杀手叶红影长期受奸臣蒙蔽，愚忠朝廷，不明正邪，妄杀无辜。在追杀过程中，叶红影与马尙飞、顾仁愿、杨冬晴等人由相恶到相识，最终为真情感悟，共同走向正义之路，完成忠臣遗愿，铲除了宦孽……
1939年，中国国内的局势宛如一个巨大的漩涡，各方势力裹挟于此，拼死角力，一着棋错，满盘皆完。沉默冷静的方滔（吴秀波 饰）是这场角力中的一枚棋子，也是至关重要的一着。他有着多重身份，表面上是比利时使馆中的职员，暗中的身份既是共产党的狙击手，又是军统的特务，更是一名青帮成员。没人知道他的真实身份，也没人能轻易逃出他的狙杀。随着全国上下抗日情绪的高涨，军统与中共方面针对汪伪政权的锄奸行动也紧锣密鼓地展开了。另一方面，日寇也对革命中的关键人士展开追捕和暗杀。方滔就这样被推向历史的前列，做着惊世骇俗却又鲜为人知的神秘工作……
