故事背景设定在《驯龙高手》事件发生1300年后，龙在现代世界中只是一个传说。一次地质异常在地表形成一道深达数英里的巨大裂缝，来自世界各地的科学家齐聚一堂，共同研究这一神秘现象。不久，一群被父母带到现场的格格不入的孩子发现了龙的真相以及它们藏身之处——为了保护他们的发现，他们必须保守这个秘密。
在现代的数字社会，使用瓦尔特P-38手枪开着老爷车的鲁邦三世使用互联网与众多数字移动终端来面对敌人。神出鬼没、异想天开、大胆妄为的大大盗鲁邦三世在新时代的法兰西的前所未闻无法预测的故事再次拉开帷幕！
一颗流星将邪恶击落至浩瀚银河的最远端。宇宙地狱挡住了他们的去路。愤怒吧，正义的大剑号！（片头旁白）银河联邦奋力反击由罗伯莱昂将军率领的麦哲伦帝国，后者主要从他们的星球“帝国”入侵银河系，但由于其压倒性的军事实力，他们陷入了劣势。与此同时，每隔950年就会接近“帝国”的彗星“魔星”的力量唤醒了“帝国”的守护神大剑号。“帝国”的二王子利格尔和他的同伴们骑乘大剑号，发动了反击。
