故事发生在清朝年间。王宁氏（金莉莉 饰）二十年前带着吃奶的女儿从宫中逃了出来，如今女儿柳如是（马千珊 饰）已出落成一名绝色才女，她与文坛领袖钱谦益（李鸣 饰）一见倾心，最终喜结连理。然而朝廷的一场大变革动摇了二人爱情的根基，摄政王多尔衮（陈道明 饰）兵临南京城下，南明王朝作鸟兽散，不忍黎民遭涂炭的钱谦益将金陵城拱手相让。得胜进城的多尔衮意气风发，他软禁了柳如是，劝她归顺自己，但柳如是过人的胆识和智慧令多尔衮刮目相看，使他明白了一个浅显的道理，即人心不可用武力所能征服......
炎帝（郝一平 饰）在取得灭魔之战胜利时，遭伏魔突然袭击，被压在镇魔石下。伏魔天神义和（张天舒 饰）盗得炎帝日光神镜，杀死刑天（吴奇隆 饰）击伤夸父（温海波 饰），受伤的夸父救走刑天的儿子后羿（李解 饰），逃往北极冥海之下。刑天死前神力已凝在后羿体內，将来只有后羿能战胜义和。义和欺骗众神说炎帝乃被刑天压在炎谷中，将有千年之劫。偷梁换柱的义和成为神界天帝，但对逃走的夸父和后羿一直心存恐惧。他隐瞒內心罪恶，表面上对炎帝女儿精卫（舒畅 饰）疼爱有加，风神西王母（贾娅 饰）怕精卫横遭不测，一直将她带在滛池。千年之后，后羿成为神射手，精卫也辩明了真正的敌我，她决定联手后羿去打共同的敌人义和......
田大宇结婚前体检时发现脑部长有轻微肿瘤，未婚妻、刑警郝敏（伊春德 饰）带他到医院做手术，本来一个常规的外科手术对海归博士沈知鱼（苏可 饰）来说小菜一碟，但由于术后用药马培德（陈建斌 饰）动了手脚，田大宇死于非命，不明就里的沈知鱼内疚万分，院方停止了他的处方权。本来痛恨沈知鱼的郝敏凭刑警的观察和分析，觉得未婚夫的死并不是单纯的医疗事故，她逐渐改变了对沈的看法，而同时沈知鱼发现护士长杜娟（潘晓莉 饰）好象知道什么。离异的杜娟一直暗恋着马培德，但马喜欢的是叶如琴（傅淼 饰），当他知道杜娟掌握着他下黑手的罪证时，对杜大献殷勤，但良心的拷问还是让杜娟决定揭露真相，狗急跳墙的马培德又对杜下了黑手。郝敏和沈知鱼从中嗅到了什么……
