《米小圈上学记》三年级第二季讲述了以“铁三角”为主角的一群调皮机灵、聪明勇敢的小朋友们在校园里学习生活、共同成长的故事。故事分为校园生活和家庭两个场景，在温馨有爱的家庭中，米小圈和他的废柴老爸总能折腾出让米妈不省心的囧事；在丰富多彩的校园生活中，米小圈和同学们将学到丰富的科学知识、动手和参与各种有趣的校内外活动，一同解决棘手的问题与烦恼，最终成长为更优秀的人。
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一群学生被招募到一所秘密学院后，发现他们小时候读到的魔法是真实存在的，而且比他们想象的更危险。
故事开始在海岸。一片海岸上，有一位漂到这里的昏迷神秘男子。他身份不明并且丧失了记忆，偶然遇到他的女高中生们将他的视频放到了网上，结果他开始爆红，从此变成了话题人物。因为被发现时嘴里一直念着海明威的名言，他也就被大家称为海明威。然而奇怪的不仅是他的身份，他像是有预知能力似的将同时期发生的种种事件都道破玄机，逐渐成为人们膜拜的存在。而新闻记者新谷咏美，在追查一个女孩失踪事件和半年内发生的连续杀人事件的真相时，得知了预言失踪女孩被发现场所的海明威的存在，为了揭露海明威的真实身份，咏美开始了对他的独家访问，在目睹了海明威不可思议的能力之后，又渐渐被其吸引。然而这时，和他交谈过的大学教授以及知道他脑内秘密的脑神经外科医生等等，跟他接触过的人都被接二连三的被杀害，慢慢地海明威的身世和隐藏在他背后的秘密才逐渐被揭开。
