《米小圈上学记》三年级第二季讲述了以“铁三角”为主角的一群调皮机灵、聪明勇敢的小朋友们在校园里学习生活、共同成长的故事。故事分为校园生活和家庭两个场景，在温馨有爱的家庭中，米小圈和他的废柴老爸总能折腾出让米妈不省心的囧事；在丰富多彩的校园生活中，米小圈和同学们将学到丰富的科学知识、动手和参与各种有趣的校内外活动，一同解决棘手的问题与烦恼，最终成长为更优秀的人。
死亡通知单的再度出世打破了罗飞的平静生活。专案组重新集结，双方的较量再度开始。与此同时，龙宇集团被新兴势力残酷打压，阿华靠一己之力，死守邓家的产业。几大集团斗得你死我活，岂料罗飞早已周旋其间，设下了重重连环计……另一边，薛天的监狱生活也并不平静，一支神秘的铅笔丢失，引发了监狱残酷大排查，就在警方一无所获时，血案发生了……一场惊天阴谋也悄然登场。罗飞、Darker、阿华，三方的终极角逐即将开始，隐藏在幕后的真相逐渐露出冰山一角……
