年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。
冰皇海波东曾经是一位冷血的杀手，接到雇主的任务前往沙漠寻找一名蛇族蛇女，在带回蛇女的时候发现蛇女已经失忆。在此期间海波东了解到蛇族同样在寻找这名失忆的蛇女，同时还遇到了一位神秘黑衣蛇人与她多次交手最终被其所重伤。海波东为了完成任务，带着重伤将蛇女带到自己的藏身之所治疗伤势，一路上遇到了各种危险……
主人公莉莉娅转生到另一个世界成为一名侯爵大小姐，她的前世记忆是一个电子游戏怪物。当莉莉娅发现另一个世界存在魔法时，她的游戏精神便喷涌而出，在她还只有 0 岁、只能爬行的时候就开始了修炼。结果，莉莉娅的魔法在五岁时就达到了贤者的水平。有一天，莉莉娅被邀请到王宫，与一个人发生了命运的邂逅。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
超级飞侠第五季整体的基调充满活力与正能量。在延续前四季故事模式优点的同时，第五季还增添了以小爱、多多、米莉、包警长、小青为主的五个飞侠团队的新元素。本动画片故事内容以单元剧为主，在每一集中，拟人化飞机主角乐迪都会飞往世界各地不同的区域，为小朋友们递送他们所需要的包裹，因此观众们将跟随乐迪穿梭于世界各地，看超级飞侠团队运用各自团队的过人能力，帮助小朋友们解决困难。同时，本片中还会呈现世界各地的文化特色，如当地的常用语、当地有名的美食、名人趣事以及有趣的风俗习惯等。通过这部动画片，孩子们能够从中感受到快乐，拓展
