明朝天启年间，左都御史杨涟因得罪魏忠贤含冤入狱，魏忠贤授意东厂及锦衣卫秘密将杨家灭门，徐长卿受王冬青所托秘密救援杨涟孙女杨紫萱，长卿舍身护送紫萱从应山府逃到龙泉村同仁医馆投靠刘谦，刘谦感念恩师杨涟恩情，将紫萱收作关门弟子细心照顾并传授其医学知识，此后几个人将医馆生意打理的井井有条，没想到却引来同行郎中吴南星的嫉妒，最后惊动魏忠贤党羽，魏忠贤得知杨紫萱踪迹派出多批杀手奔医馆而来，只为将杨家孤女紫萱和账本（杨涟所留魏忠贤通敌）一同斩草除根……江湖风云又起。
全剧围绕林山市隆德药业集团抗癌新药KA合成制剂配方的争夺为贯穿线索，生动展现了反贪局长周鞍钢、检察长杨洪江与隆德集团高层方兴、李帅以及境内外黑势力代表人物林恕、严金栋之间那场惊心动魄的生死之战。 根据匿名举报，周鞍钢来到好友方兴的集团内部，从监管经济问题入手，层层剥茧、丝丝入扣，发现与新药相关的人和事存在诸多疑点，凭着职业的敏感更警觉到这一国有企业投资上亿元的新药配方及样品受到大多利益集团的关注，面临的艰险更激励他全身心地投入到工作中去。 随着案情事态的发展，联系到该市新发现毁容女尸案，掌握核心机密的李帅身边突然出现了来自香港的旧恋人冯云漪、神秘靓女秦芳，李帅和总工程师袁因近期行为反常，被捕入狱的前隆德主席拒不交待所贪巨款的去向......等等，一系列的疑点接踵而来，一个个可疑人物皆收入检察人员的视线之内。 更为意想不到的是，邮局发现装有断指的海外包裹，本有十成把握的新药样品送检时竟节外生枝，总工袁因突然被害，方兴突然令人费解地劝阻周鞍钢暂缓调查袁因之死，隆德股票制造虚假题材不断暴涨，一连串的意外事件使得本已复杂的案情更加扑朔迷离。经验告诉主人公，背后隐藏着更大的阴谋。
