该剧以解放祖国大西南为历史背景，以重大历史事件为主要内容，气势宏大、浓墨重彩地展现了解放战争后期国共双方在军事、政治、经济等方面的殊死较量。
《暗渡》以抗日战争为时代背景，海归出身的中校军医汤敬武原是一名思想单纯的专业学者。作为一名中国人，他本能的热爱和平，尊重生命。面对惨烈的战争，在缺医少药的情况下他仍恪守着救治所有为和平而战的人。然而，随着社会动荡，个人命运起伏跌宕的转变。在痛失真爱后，汤敬武的思想也发生了根本性的变化。他渐渐从文弱书生中解脱出来，组建了自己的队伍，用智慧与勇气保护着家乡，尽管几遭周折，他仍小心翼翼的信守着自己的诺言。用生命捍卫着革命，书写着忠诚，直至最后拼尽自己的全部…。。 据出品人邵晨曦介绍，汤敬武实际上是当时整个知识分子群体的集体浓缩代表，“他们有丰富的知识与极深的文化内涵，但面对战争的洗礼时，必然要经过思想转变，从幼稚逐渐走向成熟。而在这一过程中，也必然会有很多很精彩的故事发生。”而于滨也表示，在刚刚看到剧本时，就觉得汤敬武的人物形象极为真实。“他和我以往塑造的人物有着很大的不同分享者电视网，他可以帮助我更清楚的认清心路历程。通过拍摄越来越加深了我的认知，真诚的希望能够通过对这个人物的塑造完美的进行一次心路的蜕变。” 1936年3月的上海，国民党军特种营营长汤敬武在日租界处决了作恶的日本浪人日军士兵，其正义之举遭到严厉处置。他率部杀出重围，以第一次“破腹”行动绝处逢生。日军多次收买无果决定将其剿灭。汤团突破重围投奔新四军，第二次“破腹”成功。中共苏中军区司令员束宇交给汤团一项“假投敌”的特殊任务，以粉碎日军大扫荡阴谋，于是，汤团踏上了第三次“破腹”的征途。汤团几近以假乱真的“投敌”诚意终于得日军高层的认可，一千人马名正言顺地插到了敌人的心脏里。潜伏87天后，汤团终于打响了第三次“破腹”行动的战斗。战斗胜利了，遗撼的是汤敬武还没来得及填好中共党员登记表，就因负重伤不治而永远地闭上了双眼。
1935年，张翰涛为报父仇，假借抗日奇匪“杀八方”之名，在辽南海滨小城滨岛连续惩杀汉奸，却不料阴差阳错牵连出土匪、抗联、复兴社等多股隐藏势力，引来一场轩然大波。侦探出身的日寇宪兵老队长晴川为侦破“杀八方”案花费大量人力物力，在抽丝剥茧中逐渐发现张翰涛的重大嫌疑。张翰涛在与晴川及多股被牵势力的周旋中陷入绝境，本欲回归平民生活，却发现自己的报父仇行为已造成抗联成员、抗日土匪及无辜百姓惨遭日寇屠杀。张翰涛由此放下小我，誓要抵抗日寇为死难同胞报仇，在抗联情报站长张来财的舍身相救及继任站长王刚的扶持引领下，最终消灭了以晴川为首的滨岛日寇团体，并为抗联争取来一批重要的武器资源，成为民间抗日的传奇人物。
盛唐时期，年方二十的狄仁杰上京参加明经考试，武则天亲自监考。一名伪装成考生的刺客忽然杀出，考场大乱，狄仁杰追捕神秘刺客，意外发现刺客是女扮男装，刺客趁乱逃走。武则天命狄仁杰继续追查刺客的来历，狄仁杰发现对方的暗杀是经过详细周密部署的。年轻的狄仁杰决心不追查到底不罢休。狄仁杰才华出众，又护主有功，很快当上了汴州判佐。在汴州，狄仁杰遇上了初恋情人楚芸。楚芸比狄仁杰大了五岁，楚芸就像姐姐一样照顾着狄仁杰。后来楚芸嫁给了左司郎中王本立的二公子王彦，新婚之夜王彦意外身亡。此时再遇狄仁杰，两人已然心动，但经历大变故的楚芸已理智地知道她和狄仁杰没有未来，而狄仁杰却发现王彦之死并不是一场意外，惨剧一幕幕发生，一连王家的几人皆死于非命，命案现场凄美得诡异，而狄仁杰与楚芸暗涌的情感为案情更添神秘。
某一天，汾城的许氏家族掌门人许广识精心策划了一场阴谋。先是谋杀了海关缉私局的田涛，后又嫁祸给自己女儿的男友赵宏强。原来，许广识一直反对自己的宝贝女儿与这个有黑道背景的赵宏强来往。又因为他的集团走私被田涛察觉到一些蛛丝马迹，于是便策划了这一石二鸟之计。许广识本想置赵宏强于死地，怎奈市局刑警队副队长李锐发现此案有许多疑点，改判赵宏强入狱……
