以超新星为代表的众多海贼纷纷现身世界最大的海贼庆典——海贼万博会。草帽一伙也收到了主办者费斯塔的邀请函，搭乘万里阳光号前往。原以为海贼们的狂热万博会只是为争夺“海贼王哥尔·D·罗杰留下的宝藏”，就在神秘宝藏争夺战如火如荼之际，阻挡在路飞等人面前的可怕威胁道格拉斯·巴雷特突然现身！暗藏阴谋的敌我混战一触即发……

玄关门一打开，眼前冒出了一位小学女生——

　　在远古的时代，宇宙中存在着分别代表光明与黑暗的两个文明，正如光与影永远是相互矛盾的，两个文明也长年处于战争之中，代表黑暗的文明为了取得胜利，就制造了一种高科技的战舰，这种战舰拥有超强的作战能力及穿越时空的能力，而且，还拥有自己的思想。然而，这种战舰却会把驾驶者作为自己的食粮，以此来增强自己的力量。这种黑色的战舰就像魔鬼一样，会把敌人彻底毁灭，但同时也会吞噬驾驶员的生命。而在同一时间，为了对抗敌人的黑色战舰，代表光明的文明也创造了一艘白色战舰与黑色战舰抗衡。后来，两个文明都原因不明地消失了，而那些战舰却依然存在在宇宙的某个角落里，新时代的人为他们起了个名字——遗失之舰（LostShips）
　　故事发生的世界，是设定为Slayers中所称的“异世界”。故事重心围绕在“遗失之舰——飞天一号”上。而统治这个世界的魔王正是在中被消灭的异界魔王——黑暗之星。
　　由于将精神力变换为能量的“精神物理学”的发达，产生了超越光速技术的遥远未来。主人公凯恩在这个世界里解决着发生的各种各样的事故，这种工作称之为“TROUBLE CONTRACTOR”(麻烦终结者，简称T.C）。
　　凯恩（kane）的伙伴是加娜（Canal），表面上是人类，实际上是飞天一号的主电脑的立体投射映像。性格很可怕的，凯恩（kane）因为惹她生气而被扔出宇宙船（在宇宙中啊……生命啊）作为报复。
　　另一个伙伴是想成为“宇宙第一”的米丽（米Mill），原来米丽（mill）是个侦探，因为凯恩（kane）的关系被解雇，也成为了T.C。米丽（mill）的枪法和料理都非常好……就是料理的时候厨房会遭殃……

　　秋天来了。秋名86改装了涡轮增压引擎并击败了秋山涉之后的某一天，高桥凉介突然来访，并向拓海提出了加盟的邀请，希望能集合群马县的高手，向全国的山路进行挑战，拓海犹豫着，并没有马上答应高桥凉介的邀请，他觉得在自己还有其它的一些事情需要解决。首先，拓海前往日光，挑战帝皇队的须藤京一，进行了激烈的比赛，在那曲折迂回的伊波吕山道上，先行的拓海并没有让须藤京一超越，似乎是拓海赢了，但是拓海认为自己仅仅是与须藤京一打成平手，而这就让他感到很满足了。
　　几天之后，同样是日光的车手小柏前来秋名对拓海进行挑战。小柏本来的对手是须藤京一，但是却被拓海抢先打败了，所以小柏自然将目标转移到拓海上。同时，小柏的父亲与拓海的父亲竟然是老对手!一场两代人之间的恩怨就在伊波吕山道上展开……小柏利用山道的转角进行跳跃(就是从上面的山道，不走正确的行车线，而直接利用高度差跃过转角到下一条山道)在中段超越了拓海，但是拓海迅速掌握了这种疯狂的行驶方法，在最后一段的路程中以沟渠行车法赶上与小柏并行，在终点前，小柏的赛车因为路面的落叶而打滑，拓海仅以一线之差赢得这场比赛……
　　在拓海困惑于毕业后的路向时，他与茂木夏树的态度也开始发生了转变，由于得知茂木夏树与开平治的男人有援助交际之后而疏远了茂木的拓海，在茂木夏树的努力下终于言归于好。然而拓海的同校前辈，足球队的御木(也就是在中一的时候给拓海打的那个)在圣诞假期回到秋名，并强行带走了茂木夏树以求再续前缘，在接到茂木夏树的求救电话后，拓海驾驶着86与御木的LANEVO3在雪地的秋名山进行一场剧斗，终于救回了茂木夏树。在回程中，茂木夏树终于向拓海说出了自己内心的想法……
　　终于到了春天，高中毕业了，竹内树成为了GS油站的正式员工，茂木夏树到了东京读书，而拓海在秋名湖边，向茂木夏树说出自己希望成为职业车手，向最快最强的赛车手进军的理想……
　　Project D计划……正逐渐的开展当中……

寒假。三年级学生户方美里奥来看望一年级A班的学生，他们不能走出宿舍，有很多空闲时间。他带来的，是后援部门打造的卡牌游戏《英雄之战》！A组的成员们立刻开始比赛，但是这个每个英雄都使用自己的卡牌的游戏并不像英雄英雄看起来那么容易……！卡牌对战的胜利者到底是谁……！？