第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
　　此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
　　在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

　　上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

新娘（乌玛·瑟曼 Uma Thurman 饰）曾是暗杀组织中的一名成员，也是组织首脑比尔（大卫·卡拉丁 David Carradine 饰）的情人，金盆洗手后的她结识了一个单纯的小伙子并准备忘掉过去与之结婚。没想到，婚礼当天比尔突然出现，并带领手下大开杀戒，霎时间，圣洁 的教堂变成人间地狱。新娘头部中弹昏迷4年，醒来后脑中首先想起的便是昏迷眼前的几张残酷的面孔，“黑曼巴”、“蝮蛇”、“百步蛇”、“加州山蛇”和比尔，他们是曾经的同僚和爱人，是如今的敌人。满腔怒火的新娘要一一的找到她们，不问是非对错，赶尽杀绝。

某晚，中央城爆发激战，闪电侠巴里·艾伦（贾斯汀·钱伯斯 Justin Chambers 配音）和超人、蝙蝠侠、戴安娜、绿灯侠等正义联盟的伙伴们与来自25世纪的急速教授及其爪牙镜子大师、陀螺、速冻队长你来我往，最终将这群恶棍绳之于法。分别时刻，急速教授的一番话触动巴里心底最敏感的地方。在此之后，似乎一切都发生变化。他一觉醒来，发现无赖帮们继续为非作歹，自己则意外丧失了变身闪电侠的能力，更令他出乎意料的是本应在童年被盗贼杀害的母亲竟然活着出现在他面前。全世界仿佛也天翻地覆，戴安娜率领的亚马逊人以及亚特兰蒂斯阴谋毁灭世界，布鲁斯死去，他的父亲托马斯·韦恩则以粗暴的蝙蝠侠身份出现。

　　桑尼·海耶斯（布拉德·皮特 饰）曾经是F1赛场上最具潜力的天才新星，但一场意外葬送了他的职业生涯，从此他沦为人们口中最生不逢时的“沧海遗珠”。三十年后的如今，桑尼是一名自由职业的落魄赛车手，他的前队友——如今是濒临破产的F1车队老板鲁本·塞万提斯（哈维尔·巴登 饰）却突然找上门来。鲁本说服桑尼重返F1赛场，这不仅是拯救他车队的最后希望，更是桑尼向世界证明自己仍是顶尖车手的最佳契机。桑尼将与车队的热门新秀乔舒亚·皮尔斯（达姆森·伊德瑞斯 饰）并肩前行，这位年轻的车手也渴望在赛道上书写自己的传奇。然而伴随着引擎开始轰鸣，桑尼过去的创伤也如影随形，他同时意识到在F1的世界里，并肩作战的队友也会是最强劲的对手，而通往自我救赎的道路，绝非孤身一人能够走完。

　　会计师卡尔文（凯文·哈特 Kevin Hart 饰）在高中时代曾是学校的体育明星，他热心张罗高中同学聚会，于是在Facebook上联系到了老同学鲍勃（道恩·强森 Dwayne Johnson 饰），他没想到这个在高中时常受欺负的老同学现在已经是CIA的职业杀手，而他也万万没想到自己将被卷入制止军事秘密泄露的任务中。

马丁（迈克尔·J·福克斯 饰）从他生活的八十年代来到了1955年，根据好朋友埃米• 布朗博士（克里斯托弗·洛伊德 饰）于1885年留下的信件，马丁找到了博士研制的时空穿梭机。本以为可以乘坐着这台机器回到未来，马丁却意外发现了博士的墓碑，原来他在留下那封信后不久便被人杀害。为了拯救埃米博士，马丁乘坐时空穿梭机来到了1885年的美国西部。 马丁能否改变历史，拯救博士的生命？二人能否成功回到未来？“