收复玉龙国、打败天地盟主之后，神兵小将们继续过着和平的生活。 可好景不长，黑暗的势力一刻都没有停止他们的野心，元始天魔把琉璃国的国王变成了黑暗的傀儡（玄天邪帝），并且开始了对玉岛国（玉龙国的姊妹国）进行了侵略。玉岛国元首玉燕的首席侍卫宗主的女儿灵剑双子奉命驾驶女娲星船到玉龙国接南宫逸去支援，没想到南宫逸不在家，反而把问天、问雅、小龙和天晶兽接了过来，玉龙国元首知道了这件事，马上用水晶球通知其他的神兵小将到玉岛国帮助问天，一场正邪大战又开始了......
特装版には単行本6巻に収録された「社員旅行回」を収めたOADが付属する
1274年，秋。 一艘流放船在暴风雨中驶向对马。目的地是流放地对马。御家人宗助国的女儿－辉日姬在对马迎接了流放船。 之后举行了接风宴，而在宴席上，流人们知道了一件可怕的事。从高丽出发的蒙古高丽大军，正向日本前来，而这些流人们，就将被送上战争的最前线，成为守护对马的军队人员。 “为了对马，请你们牺牲吧”辉日姬冷漠地对流人们说
对万物都充满了好奇心的箕作沙沙芽（高桥花林 配音）、对美食充满了热爱的西尾未来（冈咲美保 配音）、拥有超高智商的天才少女雪野日阳（大野柚布子 配音）、性格大大咧咧对什么都不怎么在意的具志坚修普（岛袋美由利 配音），这些女孩们隶属于一个名叫“音乐少女”的偶像团体之中。身为音乐少女的制作人，池桥大辉（平川大辅 配音）虽然每天都在非常认真的工作，但音乐少女的人气却始终低迷，公司持续赤子。最终，大辉做出了一个重要的决定，那就是吸纳新成员入团，就这样，试镜工作开始了，一位名叫山田木花子（深川芹亚 配音）的女孩也出现在了众人的视野之中。
白明与御子地。住在绿意盎然的森林中的，两位小小的女孩子。在树洞里建造家、把树叶当做伞、坐在昆虫或鸟的背上……身高9厘米的话，这种事情也是能做得到的。不去悄悄地偷看一下吗？她们那安详而愉快，十分可爱的生活。
