东环市惊现枪杀重案，引起社会极大震动，是黑帮仇杀，还是政治谋杀，其背后隐藏怎样的真相。重案队长范刚临危授命，彻查此案。同时，一起普通的交通事故，目击者却宣称为蓄意谋杀，当重案队抓捕嫌疑人蒋四后，目击证人突然翻供，而蒋四也在公安局内神秘失踪，经过周密调查，本市最大的黑帮祥瑞集团孙氏兄弟浮出水面。正当案件一筹莫展之际，蒋四突然现身西环市。重案队纳净云，刘梦阳到达之际，蒋四却被孙氏兄弟的杀手二铁子灭口。并且，孙氏兄弟为了保护自己打击重案队，布下陷阱嫁祸纳净云使其含冤入狱。
《打黑重案组》故事发生在南方市，当地的公安局打黑重案组遭遇到一桩棘手案件。在破案过程中，重案组受到各种各样的阻挠，案件侦破几度中断。但公安局长和乾警们不为困难所阻，不顾自己和家人所遭受的苦痛，坚持调查最终查清案情，一举打掉了南方市的黑恶组织。2006年初秋，滨州市、香港乔氏地产公司驻滨州市项目代表郑天京被人在住所谋杀，他的尸体当晚被埋进了工地垃圾堆中……市公安局长陆啸天(卢奇饰)命刑警支队重案组长刘英来(祝延平饰)率重案组成员姚晃(吴樾饰)、依蔓(李依蔓饰)和飞飞(马丁诺饰)赶到案发现场投入侦查工作。重案组严格对死者死亡时间保密，发现死者与龙心集团董事长张伟及其部属有密切联系。张伟出身黑社会团伙，掌控滨州市黑白两道……同时，被刘英杰逮捕的杀手大脚(李槐龙饰)从服刑地新疆脱逃，潜回滨州市，被老大张伟窝藏起来。大脚仇视刘英杰，打算干掉刘英杰……重案组民警李晓(于龄童饰)和派出所民警联手捉拿大脚，大脚老奸巨滑溜掉。张伟得知大脚出外生事，将他训斥一顿，命他在密室上网，不准外出……
