《米小圈上学记》三年级第二季讲述了以“铁三角”为主角的一群调皮机灵、聪明勇敢的小朋友们在校园里学习生活、共同成长的故事。故事分为校园生活和家庭两个场景，在温馨有爱的家庭中，米小圈和他的废柴老爸总能折腾出让米妈不省心的囧事；在丰富多彩的校园生活中，米小圈和同学们将学到丰富的科学知识、动手和参与各种有趣的校内外活动，一同解决棘手的问题与烦恼，最终成长为更优秀的人。
天才女法医谷雨潜入精神疗养院执行伪装侦查任务，不料卧底计划被一起凶杀案破坏，甚至险些被诬陷成为凶手，也因此，谷雨结识了女刑警白鹭。两人的性格水火不容，生活习惯也大不相同，但这个神奇的组合，却屡破奇案，她们从最初的互相牵制到彼此赋能，建立了深厚的友谊。在谷雨和白鹭侦破的一起刑事案件过程中，她们意外发现了失踪的谷雨哥哥的踪迹。而谷雨哥哥的失踪又和白鹭男友的殉职有着千丝万缕的联系，这一切都指向境外制毒团伙。二人的命运被她们深爱着的人紧紧连接在了一起，她们有着共同的目标——找到一切罪恶的源头。她们坚信痕迹之下，必有真相。
