故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
以超新星为代表的众多海贼纷纷现身世界最大的海贼庆典——海贼万博会。草帽一伙也收到了主办者费斯塔的邀请函，搭乘万里阳光号前往。原以为海贼们的狂热万博会只是为争夺“海贼王哥尔·D·罗杰留下的宝藏”，就在神秘宝藏争夺战如火如荼之际，阻挡在路飞等人面前的可怕威胁道格拉斯·巴雷特突然现身！暗藏阴谋的敌我混战一触即发……
