1949年，解放战争进入最后的关键时刻，随着中国人民解放军的逼近，国民党仓皇百逃台湾。国民党国防部保密局直属特别勤务处少校参谋邓家骥及其妻子沈荷（张歆艺 饰）正是这败逃大军中的一员，他们的真实身份是中国红妆情报小组的成员，为了继续从内部瓦解敌人，二人不惜随军前往台湾。谁知最后关头突发变故，沈荷留在大陆，夫妻被迫天各一方。
《九河入海》讲述的是天津从1901年到1949年这段厚重的历史，通过故事主人公—海家、刘家和唐家三代人的命运浮沉来淋漓表现天津人外豪内和的粗犷性格以及天津逐渐成为那个时代的、中国北方政治和金融中心的靓丽过程。
浅轮直树（井之原快彦 饰）从刑警菜鸟一步步成长为班长，与罪犯、普通人、特别搜查组成员打交道，一丝不苟，那么，他以及周边人们“人生”的19年以来的终点是什么呢？
毒枭“矮子”逃离监狱，并得到了政府的支持，成为贩毒集团联盟领袖。然而并非所有集团都同意加入，一场战争就此展开。
正德十六年，武宗驾崩，朱厚熜即位，建元嘉靖。李言闻被封为太医院吏目。李言闻好友吴药师因治错小郡主的病，被关入牢中。吴药师临终托孤，将女儿吴斯语许配给李时珍。长大后李时珍进阳明书院学习，和荆王府世子朱成翊成为同学。朱成翊希望拉拢李时珍为自己所用，却被李时珍严词拒绝。朱成翊遂与李时珍成了死对头。
