ネオ・トーキョー・シティーのベイエリアに世界最高の高さを誇る「ネオ・トーキョー・タワー」が完成した。大展望室では落成セレモニーが行われ、また地上では見物客で賑わうパレードが繰り広げられていた。そんな賑わいの中、突如として羽虫型爆弾メカが大量に現れ人々を襲い始め、同時にテロ集団「暁の陽炎」が現れて、知事を含むパーティー客たちを人質に展望室に立てこもった。彼らの要求、「服役中の同志の解放」「活動資金」「逃走用VTOL」が満たされなければ人質の命はない。タイムリミットはたったの2時間。ポリスタウンの長官はマキに≪WARRIOR≫の出動を要請する。利緒、真弥、ユージ、リリカ、ナンベルのメンバーは現場へ向かうが、一方で人質の中に紛れ込む謎の女「ルビー」は、騒動を利用して密かに「計画」を進めていた。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
能力出众、缺乏亲情的路朝歌，一朝穿越，意外重生在了他最喜欢的游戏《天玄界》中，这一世的路朝歌，虽然失去了前世富裕的生活，但他有了一对爱着他的父母，真正体会到了家的温暖。也正是这份温暖，成为了他光耀门派的动力来源。
遥远的古灵星被毁灭，幸存的三位超人来到星星球向开心超人求救。以开心超人为首的五位超人为维护宇宙的正义，决定寻找古灵星毁灭的原因。当开心超人追查古灵星毁灭的线索时，却发现多了两个神秘的反派——月舞、星影，阻止他们的追查行动，而且月舞星影背后居然还有更大的势力。他们下一个毁灭的目标就是星星球。
