未来星际，无数异兽入侵，吞食异兽就能获得基因，人类于是迎来了基因大进化时代。刚进庇护所的新人韩森，表面上是遭人鄙视的存在，另一面却是人人敬仰的“B神”！韩森：不好意思，只有我能获得超级神基因！
所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
