故事的序曲从国中一年级开始。长相乖巧可爱的少女吉冈双叶（内田真礼 配音）不擅长应付男生，总觉得男生很讨厌，唯独隔壁班的田中，在她眼中是一个特别的存在。然而，和田中的青涩恋情还没开始，就随着他的转校而凋谢。转眼间，双叶已经是高一学生。因为国中时曾经被班上的女生排挤，她决定伪装自己原本的样子。 在一个平常的课间，她意外遇见一个长得很像田中的男生，他的身高和声音都跟国中时相差很大，这个叫马渕洸（梶裕贵 配音）的男生究竟是不是当年那个腼腆秀气的田中？砰然心跳，稚嫩青涩的闪烁青春，已经拉开帷幕。
故事发生在灵山，这里聚集着一群地界“没有希望”的人们。他们大多数穷凶极恶，被社会抛弃在灵山占地为王，第四代魁拔迷麟诞生于此。天界苦苦找寻魁拔无果，为了消灭魁拔，决心将灵山轰为平地。迷麟从困境中崛起，他的精神也一步步唤醒了灵山众人有血有肉的灵魂。迷麟率领灵山军横扫地界各国，与天为敌，成为一代君临天下的霸主。
东西冷战了170年后的未来，世界被分为东部和西部二个对立面。经常互相对峙，处于极度的紧张状态。在那样的状况中，设立了秘密谍报组织“Zero zero机关”，组织以00号码称呼着间谍部队中的人工控制机械人。 主人公ミレーヌ·ホフマン 属于00号码间谍“9小组”的女性人工控制机械人。代号009-1的她美丽的身体中包藏着许多秘密兵器，并赌上性命进行着谍报活动。
帕西瓦尔和爷爷瓦基斯住在荒芜的边境之地，过着悠闲的生活。帕西瓦尔快满 16 之时，爷爷问他是否要去冒险，看看外面神奇的世界，帕西瓦尔虽然以要陪爷爷为由，拒绝了冒险，但内心依旧是向往冒险的。就在这时，一个叫伊隆希德的男人找上门来，杀害了爷爷，而这个男人正是帕西瓦尔的父亲。帕西瓦尔为搞清真相，踏上了旅途……
西历5012年。突然入侵地球的＜外星人＞与其制造的＜机械生物＞导致人类面临灭亡危机。 仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用＜人造人＞士兵展开反攻作战。 然而无限增加的＜机械生物＞阻挡在前，战争陷入胶著状态。 作为最终兵器，人类派遣新型人造人＜寄叶＞部队至地球。刚被派往地球的＜2B＞与先行调查员＜9S＞会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……。 这是关于为人类而战，无生命＜人造人＞的故事－－ PS：Automata指的是“自动人形”，别再机械纪元求求了。
