故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
讲一群普通的年轻人如何成为英雄，为了复活一个古老的守护者，瓦凯 和他的朋友必须周游世界寻找战斗盘。让他们有能力能够召唤强大的怪兽进行史诗般的战斗。为了成为真正的英雄，他们必须上英雄学院，面对各种野生怪物。和同学们战斗来收集最多的战斗光盘。但当邪恶的魔王想要利用战斗盘的力量计划统治银河系。
乃（本泉丽奈 配音）在学校里担任着历史老师的职务，拥有着可爱面孔温柔个性的她在学生之中拥有很高的人气，唯一不听她话还常常给她造成困扰的，是一位名叫久我宗二（白井悠介 配音）的男生。因为内向的个性，菜乃的感情生活到目前为止还是一片空白。在熟人的介绍之下，菜乃决定相亲。第一次和陌生男子见面吃饭，菜乃的心中充满了不安，所幸对方是一个温文尔雅又彬彬有礼的男性，在对方的引导之下，菜乃逐渐放下了疑虑，打开了心扉。事后，菜乃震惊的发现，让她小鹿乱撞的相亲对象，竟然正是变了装的宗二，不仅如此，宗二还在校园里对菜乃展开了热烈的追求。
