神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
动物王国里三个性格迥异的小动物——善良但缺乏勇气和自信的猪小妹珠珠、憨厚的熊大哥贝鲁克、聪明顽皮的兔子唐杰，他们生活在温馨且充满欢笑的无忧小镇。然而黑狼德利的出现，打破了小镇的和平，为了救出被掳走的好朋友，三个好伙伴组成森林小分队，开启了黑森林的冒险之旅。
女王曼多拉认为人类是自私而丑陋的，就算一时好心帮助朋友也是善变的。而店长辛灵仙子则相信人类是美丽善良的。她们发起了新的赌注。女王以铁希的生命诱惑文茜，逼她说出了辛灵藏在仙境的大门位置。虽然女王无法破除咒语前往人类世界，却能在大门设下陷阱。为了修正冰公主的冰封术，让舒言重新生长，叶罗丽战士们一起回到了仙境。没想到刚到陷阱，就步入了女王精心准备的陷阱，她们被女王分别封入了镜空间。
故事讲述无聊的神明们制作了一个终极益智游戏《诸神的游戏》，从冰里长眠3000年，热爱游戏的前神明少女レオレーシェ苏醒后做出宣言，「带上这个时代最会玩的人！」，而被指名的フェイ是备受期待成为「近年最强的新人」的使徒，两人共同挑战难度极大且还没有人类能完全攻略的《诸神的游戏》。
