主要讲述了喜欢魔术的高中生黑羽快斗，在自己房间内一道隐藏的门后的密室里发现了世界闻名的大盗怪盗基德的服装。之后，身着怪盗基德服装的快斗遇见了父亲——世界知名的魔术家黑羽盗一以前的助手寺井黄之助，从他的口中得知自己的父亲正是怪盗基德，而且他并非死于意外，而是被人暗杀。为了找出杀害父亲的人，快斗决定以第二代怪盗基德的身份开始着手调查父亲真正死因。在以怪盗基德的身份活动的某日，快斗与称呼自己为“黑羽盗一”的神秘组织相遇，而该组织正是他的杀父仇人，故事也由此正式拉开帷幕。
在“神化”时代的东京，充斥着无数的英雄——“超人”。 他们的诞生理由各有不同。 既有被邪恶组织改造的人，也有来自宇宙的人。 既有来自魔法世界的人，也有来自古代、身为妖怪而生的人。 既有被科学家制造出来的机器人，也有超自然的史前机器人。 对于这些超人的跋扈，日本政府绝不打算坐视不管——
大正十五年，大神一郎正收拾行李到巴黎赴任，偶尔在一小箱中， 看到一粒子弹…… 时间追回太正十二年。在六月公演的庆功宴，开始了技艺大会，樱做出华丽的剑法。玛利亚也罕有的说出來表演，做出称为乾杯的技艺，但失败了，其後玛利亚责备自己。同时刻，和玛利亚过去曾经有恩怨的巴灵千朗夫 ，來到东京港並向玛利亚复仇……
