故事发生在遥远的2061年，网络成为了维系社会平衡不可或缺的存在，并且已经发展到了凭借意识就能够自由连结的地步，然而，网络的极度发达带来的却是个人信息的不断泄露和被篡改，并且因此而引发了一系列严重的社会问题，犯罪事件频发。
忍者神龟回来了！不过是电视剧。当神龟们被人类接受，并作为英雄进入高中时，他们现在面临着同时做两件事的压力。面对 1987 年电视剧中的原始反派，神龟们还必须与 Shredder 战斗。
