2100年，地球能源已接近枯竭，环境污染日趋严重。.. 为了实现地外星系探索计划，人类制造了名为赛尔的机器人，并建造能源探索飞船赛尔号。在宇宙探索过程中，他们还发现了外星精灵，这些精灵们成为了赛尔机器人探寻新能源的重要帮手和伙伴。而以宇宙海盗欧比组织为首的邪恶势力正在肆意掠夺宇宙资源，为了挫败他们的阴谋，英勇的赛尔们和正义的精灵伙伴们一起为守护宇宙和平而战……
平凡な高校生の深町晶はふとしたことから奇妙なカプセルを拾ってしまう。中から飛び出してきた怪異な物体に包まれて川へと落下する晶。その傍ら、彼のガールフレンドである瀬川瑞紀に怪物や謎の男たちが迫った。だが川から現われた別の怪人が怪物＝超獣化兵（ゾアノイド）を撃退。男たちの正体は秘密結社クロノスの一員で、カプセルは結社が作り出した人間を強化させる「ユニットガイバー」だった。ユニットガイバーで怪人＝ガイバーIへ殖装（変身）する能力を得た晶。彼とクロノスの戦いが始まる……。 劇中に登場するもう一人のガイバーことガイバーIIは原作と異なり女性キャラクターへ変更。本作はOVAとして発売された同日に一部地域で劇場公開もなされている。
