继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
平凡的小学生田小咖有着跟大多数男孩非常相似的经历。由于父母忙于工作、无暇陪伴，小咖发现了神奇的朋友咖宝车神。咖宝车神是来自未来的秘密朋友，他们有着日常生活中常见的汽车形态，又能在需要时变身成机器人，陪伴小咖度过有趣又难忘的每一天，又时常保护着小咖和他的家人朋友，帮助小咖解决各种各样的难题。
叶罗丽仙境是一个平行世界，女王曼多拉统治着这里。因为人类大肆的破坏自然环境，威胁到了仙境的存亡与仙子的安危，曼多拉决定向人类世界发动战争。
