故事叙述一只叫暮光闪闪(TwilightSparkle)的小马为了执行导师塞拉斯提娅公主（PrincessCelestia）给她的任务，与助手斯穗龙（Spike）一起来到小马镇学习有关友谊的魔法的知识，其中她认识了苹果杰克（Applejack）、瑞瑞（Rarity）、小蝶（Fluttershy）、云宝黛西（RainbowDash）与碧琪（PinkiePie）五位好朋友，每只小马都代表着友谊的每个元素，并在和谐水晶（E... 故事叙述一只叫暮光闪闪(TwilightSparkle)的小马为了执行导师塞拉斯提娅公主（PrincessCelestia）给她的任务，与助手斯穗龙（Spike）一起来到小马镇学习有关友谊的魔法的知识，其中她认识了苹果杰克（Applejack）、瑞瑞（Rarity）、小蝶（Fluttershy）、云宝黛西（RainbowDash）与碧琪（PinkiePie）五位好朋友，每只小马都代表着友谊的每个元素，并在和谐水晶（ElementsofHarmony）中，各扮演重要的关键元素。此后，暮光闪闪(TwilightSparkle)便与她认识的新朋友们开始了有趣的日常生活，在第四季时暮光闪闪（TwilightSparkle）和她的五个朋友在第四集以及之后开始写日记。
故事发生在战国时代，普通人家出身的男孩猪名寺乱太郎祖辈曾是忍者，在父亲的劝说下，他离开家乡摄津，进入当时一流的忍者学园学习。在学校，他认识了与之同龄的新兵卫和雾丸。新兵卫是一个出身富商家庭的小胖子，为人迷迷糊糊，对吃尤为感兴趣；雾丸则是身世贫苦的孤儿，为人精明，贪财吝啬。这三个性格迥异却的小家伙成为好朋友，他们最大的共同点就是经常因为考试不及格受到处罚。当然，以校长大川平次涡正为首的老师们也都是性格古怪且鲜明的爆笑人物，乱太郎他们和周围的同学、老师一起上演了连番搞笑、有趣的精彩好戏…… 本片根据漫画家尼子騒兵衛原著《落第忍者乱太郎》改编，改编成动画时，因NHK电视台的禁忌而将“落第”二字去掉。
故事的主人公巴辛是一个非常爱好“交换卡片游戏”的小学六年级生。现在上学的小学校园里，正流行着一个在全世界都受到欢迎的卡片游戏“battle spirits”（战斗精神）。有一天，巴辛意外地得到了一张“辉石”……用辉石的力量，可以将“战斗精神”卡片中的怪物“spirit”们召唤到现实生活中来互相战斗。从此巴辛有了召唤卡片的能力。知道在学校传言中所说的传说的X珍稀卡片是实际存在的巴辛，与同样拥有辉石的竞争者们一起，为了能够得到这张X卡，而展开了激烈的卡片战斗。 当集齐了所有的X卡片时，就能实现与传说中最强的王者战斗的愿望。究竟能够称雄全世界的最强王者、以及能够赢得究极的卡片战斗的人究竟会是谁呢？！
