仙魔大战二十之后，三界达到了微妙平衡的状态。而正此时，身负重要秘密的少年叶不归脱离了剑灵仙岛的保护，出现在众人眼前。 他的出现打破了平衡，随着战争结束沉寂了二十年的阴谋重新浮现，少年在试图保护世界的同时，也知道了自己的身世。他的人生征途充满危险，有人来也有人走。不归二字，或许就是他的宿命。
故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了，小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了!在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
