宇宙小子第四季

菜穗（花泽香菜 配音）是一名普通的高中二年级女生，过着波澜不惊的平淡生活。一天，菜穗收到了一封神秘的信件，寄件人竟然是10年后的自己，10年后的菜穗声称自己的生命中发生了无法挽回的巨大遗憾，为了弥补这个遗憾所以才寄出了这封穿越了时空的信件。刚开始，菜穗只是将这封信当成是一个恶作剧，但第二天，信中所提及的那个叫做成濑翔（山下诚一郎 配音）的男生竟然真的转学到了菜穗的班上，按照信里所说，菜穗将会喜欢上翔，而翔则会在17岁那年的冬天死于非命。菜穗该怎样做才能够避免这一悲剧的发生呢？

　　第一幕「华都花之军」
　　太正８年的春天，为了应付即将爆发的降魔之战，帝国陆军的米田一基提案组织帝国华击团，而藤枝菖蒲则奉命前往世界各地寻找能够成为队员的超能力者。此时，真宫寺完全不知自己的命运即将改变，仍在故乡仙台持续练习着剑术…。
　　第二幕「在樱花中展放吧，神剑」
　　为了保卫帝都不受降魔的侵袭，红兰、玛莉亚、环奈、爱莉丝等四人在总司令_米田的号召下，加入了帝国华击团。然而，等待着他们来挑战的并非军事训练，而是为了能登上「大帝国剧场」的花舞台，所进行的舞蹈及发声练习；原来这是米田为了隐藏帝国华击团的存在而想出的奇特点子。接着，帝国华击团为了补强战力，找来了神崎重工会长的孙女—菫加入阵容，但因为菫的态度非常高傲，使得环奈对她十分不满，好不容易就要建立起来的团队默契，眼看着又陷入了撕裂的危机…。另一方面，真宫寺樱决定前往东京，她在出发前得到了一本记载着真宫寺家祖传的北辰一刀奥义流的书卷，樱是否能领悟出这本奥义中所记载的剑术呢？
　　第三幕「春天三月，首次登场」
　　帝国华击团在经过一番波折后，终于正式开始运作，而花组的成员为了消灭徘徊于帝都的降魔，也展开了一连串的作战。此时，大帝国剧场的舞台揭幕了，用来掩护华击团的另一个身分——「帝国歌剧团」，其公演也陆续开始。樱虽然顺利加入了帝国华击团，但却在驾驶光武的演习中发生失控，导致她只能在舞台边落寞地欣羡玛莉亚等人的演技，此刻花组的其它成员也无法接受樱的加入，队内气氛顿时变得很僵。身兼队长的玛莉亚由于无法负荷每天的密集行程，于是向菖蒲提出了卸下队长职务的要求。某日，玛莉亚在目睹樱独自练习唱歌的情景后，觉得樱拥有很大的潜能，于是决定让她在下次的公演登场，可是菫却对玛莉亚的这项决定感到非常不满，因而大发雷霆…。
　　第四幕「仲夏梦之夜」
　　历经数场的战役之后，花组队长大神一郎渐渐地得到其它队员的信赖。不过，大神为了应付这几个非常有个性的队员，每天都费尽了心思，身心的疲惫也因此达到了最高点。某天，当大神在执行夜间巡逻任务时，凑巧看见独自一人在练习剑术的樱，大神对樱说：「我很羡慕你们能够为人们带来梦想」；其实樱最近早就觉得大神很没精神，在听到这番话之后，为了激励大神，于是反过头来要求他企划一场由花组全体登台表演的歌剧。这场由大神负责指挥的歌剧是否能顺利演出呢？

　　SIDE6沉浸在一片安宜祥和的气氛中，这里远离战场，几乎从未发生过什么战事，驻守在这儿的联邦军的部队也并不多，这一点，并不使少年阿鲁高兴，因为他是一个军事迷，渴望看一下激烈的战斗场面。一日阿鲁正与朋友们交流时，殖民地内发生了骚动，这是由吉恩的小股侦察部队与联邦发生的冲突所引致，不久，一架受了伤的扎克（改），掠过阿鲁的上空，坠落在离他不远的林间草坪上。
　　被击落的吉恩新兵巴尼，用自己的军衔章换取了阿鲁的摄影机磁卡，这里面记录有阿鲁从联邦的工厂里到的MS组装画面。此外，还有几日前从地球搬来的阿鲁家的邻居红发女郎克丽丝的倩影。巴尼获取的情报，引起了吉恩军的注意，他们立即组建了一支突击小队，执行破坏高达的任务。于是，巴尼所在的小队，依靠一场小规模的战斗的混乱，再度潜入SIDE6。在宇宙殖民地中，巴尼又一次与阿鲁相遇。
　　理想成为MS驾驶员的少年阿鲁，自愿为吉恩突击小队侦察联邦军的秘密基地的位置，并与监视他的青年巴尼成为了好友。一日，巴尼在阿鲁的窗下与克丽丝邂逅，这为巴尼的监视任务带来一分情趣。同时，在突击小队的秘密仓库中，对高达用新型MS--坎普玛正在组装中，计划在圣诞节前，完成破坏阿历克斯的任务。一切准备工作完成后，破坏高达作战展开，由吉恩老兵驾驶的坎普玛，将驻守的联邦部队打得落花流水，并与突击小队配合，很快到达了停放阿历克斯的秘密工厂，阿历克斯NT-1仓促应战，并以性能的优势将坎普玛击败。至此，吉恩突击小队作战失败，小队除巴尼以外全员战死。
　　吉恩突击小队作战失败后，小队唯一幸存者巴尼接到了立即撤离SIDE6的指示。因为吉恩军没有机会再组织力量破坏高达，于是他们打算圣诞夜之前，用核弹摧毁整个宇宙殖民地。巴尼得知消息后，要求阿鲁立即通知家人与克丽丝尽早离开殖民地，但遭到阿鲁的反对。阿鲁希望自己心中的优秀驾驶员巴尼，能击溃阿历克斯挽救殖民地的命运，于是巴尼只得一个独自离开。
　　警方无法相信阿鲁的报警，置之不理。同时，吉恩军搭载核弹头的攻击舰已驶离母舰。阿鲁面对朋友与家人几欲绝望，此刻在机场，巴尼正犹豫不决，最终，他下定决心，为了阿鲁与心爱的克丽丝，以及殖民地的人们，向阿历克斯发出最后的挑战。在阿鲁的协助下，他修复了初次袭击SIDE6时被击落的扎克，用唯一的武器--能量斧对NT-1发起了攻击。与此同时，阿鲁从父亲的口中得知了吉恩军将于数日后签定终战协议，他飞奔着跑向巴尼战斗的地方，但在他面前支离破碎的NT-1的光束剑，已刺穿了扎克的座舱。而救护人员从NT-1的座舱中抢救出的联邦驾驶员那一头秀丽的红发，更使阿鲁呆然……

　　TV动画以第一学期的毕业典礼将故事告一段落。外传烟火大会的故事将以「PAGE.13」的形式OAD化！令人心潮澎湃的场景也非常多。另外，菊池冬马也正式登场了。

　　深夜中的都市角落、有个打破寂静的男人在奔跑着。
　　拼命奔跑而摔倒的男人脸上出现了不寻常的焦急模样。那个抬起头来的男人眼中浮现出一位穿着像是舞蹈衣的战斗服、有着长长的尖耳和披风的金发少女身影。男人向这位女子发出了像是野兽般的叫声来展现出他的愤怒、并且脸也立刻垮掉而露出了像是章鱼或花枝般的身体的怪物之姿、然后朝向少女攻击。但这个少女只轻轻挥了一下手臂发出强烈的光芒、立刻让怪物灰飞烟灭而再度寂静了起来，少女也在不知不觉中消失。
　　一方面，将视点放在地球的宇宙中、停留着一台巨大陨石型的太空船“克苏鲁之月”。在里面、有两个全裸的少女在床上互相交缠着而沉浸在快乐之中。这两人分别叫作哥巴鲁特以及赛比亚。之后两人眺望着地球并且谈笑着而来到克苏鲁之月的中枢部分。
　　出现在穿扮齐全而来到中枢部分的哥巴鲁特面前、是一位身旁有数个手下并且站立其中的人。他的名字叫作拜欧雷特，也是哥巴鲁特的上司以及克苏鲁之月的首领。拜欧雷特选择哥巴鲁特担任巨大机器人・戴洛斯θ的驾驶、并且告诉她之前派到地球的寄生怪物们受到妨碍的消息。
　　妨碍这群怪物的是深夜中出现在都会里的少女。拜欧雷特他们称这名少女为伊库萨1。她为了让自己的能力可以完全觉醒而在找寻一名地球人少女。那个少女的名字叫作加纳渚。一个生在平凡家庭的普通少女。
　　拜欧雷特让怪物来到渚那边。使她从一开始以为是恶梦、变成注意到时，朋友及父母已经全都变成怪物、自己也对于被寄生而伸出触手的他们感到恐怖和绝望。不过此时伊库萨1及时赶到而救了她、但因为渚直接面对到过于残酷的事实而陷入了恐慌状态而完全听不到伊库萨1的话。一方面、从克苏鲁之月感觉到自己使命的哥巴鲁特也驾驶戴洛斯θ降临到地球。
　　此时，来自宇宙的另一边的流浪民族克苏鲁正把地球视为自己的目标。