当第三季开始时，故事时间已经过去三年整，Noah一直在监狱里代替前妻Helen服刑。Helen试图让女儿Whitney相信Noah并非真的有罪，但Whitney根本不听。Noah三年刑满后获得自由，但他很快发现过去的阴影仍然存在，他的精神状态变得非常黑暗，重获新生谈何容易。与此同时，Alison一直无法忘记失去第一个孩子的痛苦，而且女儿Joanie的抚养权官司也一直没有定论。虽然Joanie是Cole的亲生骨肉，但Cole已经决定抛开往事，与Luisa组成新的家庭。Helen现在的事业很成功，但在荣誉光环之下，她其实比谁都糟糕。在家中，她和男友Vic的关系很不确定，和孩子们的关系很不稳定，而且她始终有强烈的负罪感。
故事围绕子乔、一菲、关谷和小贤等几位主人公展开，他们受宛瑜的邀请去马尔代夫旅行，但因一系列意外和事件，他们的生活被打乱了。一菲迅速将她的公寓短期出租给自己的师姐杜茜茜（段倩茹 饰），后者将公寓的一部分改成了公司的办公场所，并开始招聘助理。AB套间成为了面试场所，吸引了三位面试者：崇拜杜茜茜的小雪（徐佳琦 饰），电脑RSP小黑（董博睿 饰），以及IT狂人郝酷（王楠 饰）。由于误入房间，三人开始在爱情公寓中展开了一系列令人捧腹的互动和故事。在这段时间里，每个人都在爱情公寓中找到了留下来的理由，无论是为了爱情、为了梦想，还是为了追求自己的生活目标。他们之间的互动不仅充满笑料，还涌现出许多浪漫和温馨的瞬间，共同经历了一段充满挑战和成长的时光。
赴职的李安在碧波湖畔被余县贪官授意的恶霸杀害，红鱼未能及时搭救，只能将他藏在碧波洞里，而自己为寻找真凶扮作李安为官，凭借智慧连破奸人诡计，震慑奸佞。后来，红鱼因为无法面对李安的母亲和满腔痴情的赵秀，毅然舍弃三片金鳞，救活李安。复活后的李安雷厉风行，有红鱼相助，如虎添翼，二人联手为查明要案和余县的贪官、恶霸、土匪连番斗智斗勇，并最终除暴安良，保一方平安。
继续上一季的结局，Jericho和New bern之间的争斗被号称第10山地师的美军强行镇压，同时Robert Hawkins继续在自家保存着唯一的核爆证据，试图联合Jake澄清这一系列事情的真相。
大病初愈的王沥川（黄柏钧 饰）和谢小秋（李梦 饰）在杭州再次重逢，谢小秋身边已有一个和王沥川极为相似的追求者方天成（周咏轩 饰），可是面对突然出现的王沥川，谢小秋意识到自己仍然没有翻篇，在慌乱中拒绝了方天成的表白。而再次遇见谢小秋的王沥川，也意识到自己始终无法放下，彼此妥协下，两人重新在一起，一对重逢的恋人克服疾病带给爱情的重重障碍，走向了婚姻，用爱与坚持获得了最终的幸福。
温润如玉的男医生何苏叶（张凌赫 饰）与重度失眠的酒店前厅经理沈惜凡（徐若晗 饰），在一次次看诊和生活中不期而遇并暗生情愫，最终两人在日常点滴中相互治愈，甜蜜收获了一段沁润着草药香的爱情故事。剧集根据笙离的小说《爱你，是我做过最好的事》改编。
