《铁齿铜牙纪晓岚3》由“好女争锋”、“假作真来真亦假”、“江湖江湖”、“辨奸计”和“胭脂红”五个单元故事组成。故事由神秘的江南女子陆琳琅(张庭饰)的出现而变得一波不平一波又起。陆姑娘深受乾隆(张铁林饰)宠爱,暂住纪晓岚(张国立饰)府上。然而和珅(王刚饰)早知陆姑娘身世, 为斩草除根,多番设计陷害陆姑娘。幸得纪晓岚解救,并一洗陆家冤情。然而这三个老男人却都陷入了儿女情长的重重矛盾中,本不平静的京城更是风波不断。
韦峻轩(罗仲谦饰)是香港警队里一个见习督察,立志要成为史上晋升得最快的督察。一次扫毒行动中,峻轩碰上疑犯五折,公报私仇,让五折药物中毒。事后峻轩发现五折死亡,因此一直感到不安内疚,要靠心理医生胡家琳(朱锐饰)的治疗才能稍稍平复。大陆警察江子丹(化名子弹)(王阳饰)前来探望好友,发现五折服用过量毒品堕楼身亡。子弹对此大感诧异,认为这是不可能的事,决定要找出真相,以证好友的清白。没过多久,子弹发现五折的死与一个香港黑道社团经营的贩毒网络有关,该网络正与外国贩毒集团勾结,筹划开拓中国这个庞大的市场!于是立即联络香港警方,两地联合部署行动,要捣毁这个跨境的贩毒集团。
周润(黄日华饰)为结婚努力赚钱,但财政大权由女友简秀珍(薛彩霞饰)掌管,饱受珍家人的欺凌。周润的电单车与富商华世生(刘兆铭饰)的车相撞,被要求赔偿,女友又拒绝给钱,萌生跳楼轻生念头,却与昔日笔友龙威(李扬道饰)重遇。华商场上的死敌关奉天(关海山饰)被华出卖,欲自杀被周润所救。关见周润正直,骗周润与他见面,乘机绑票。周润与龙威同往,却误把华的侄女晓冬(毛舜筠饰)带走。晓冬欲逃走,险生意外,幸得周润及时相救,她见二人良善,渐生好感……龙威建议利用晓冬向华勒索,华派手下持巨款与威谈判,目的竟然是……
1937年“七七事变”后,中共地下党员江波随国民党宣子奇部移驻上海。中共敌工部部长赵一青命令江波查清地下电台暴露原因和‘高船密谈’内幕。淞沪会战爆发,为消除日特对淞沪之战的威胁,国民党军令部采纳江波方案,决定对井上机关实施“刮骨”打击,江波担任突击队队长。后撤突围时,为掩护何昆送出重要情报,江波身负重伤。上海沦陷,江波受命国民党军令部潜回上海组建秘密情报网,与曾是敌手的黄埔同学、国民党军统特务何昆不期而遇。为锄奸抗日,江波、何昆、尤佳丽、康瑛等国共两党人员相互配合,及时获取日军情报,为世界反法西斯战争做出贡献。