灰太狼受神秘人袭击后被抓走，小羊们根据蛛丝马迹将他寻回，却发现灰太狼眼神变得空洞呆滞，疑似大脑受到损伤。为解救同伴，喜羊羊带着伙伴们借助灰太狼发明的“脑波机”进入到灰太狼的大脑世界，他们在脑海里一个个光怪陆离的区域中历险，同时也认识到很多新的朋友，帮助他们探求真相找寻让灰太狼恢复正常的方法。大家历尽艰险眼看真相快要浮出水面了，不料灰太狼突然陷入昏迷，更大的危机正步步逼近……
和电影不同，《魁拔妖侠传》将承担完整讲述主角们“前世今生”的任务，并将魁拔史诗宏达的世界观全面展开。在电影中，蛮小满、蛮吉、卡拉肖克潘、阿离公主各自展现了魅力，但未来得及把全部的谜底揭开——而这些“藏起来”的故事和历史，将在《魁拔妖侠传》中一一展开。
