经历了一番波折，曾经的暗黑系中二深度患者富樫勇太（福山润 配音）终于和现役中二中毒者小鸟游六花（内田真礼 配音）确立了恋爱关系。因妈妈出差和爷爷的失误，六花暂时借住在勇太家中，二人开始实质的同居生活。转眼他们升入了高二，青春气息鄙人的校园内，一色诚（保志总一朗 配音）换了新的发型，丹生谷森夏（赤崎千夏 配音）发誓君临校园，凸守早苗（上坂堇 配音）和阿森的爱憎对决依然继续，变成三年级的“残念生”五月七日茴香（浅仓幸美 配音）则冷感继续。
在某个时间点的日本，突然出现了文学书全部被染黑的怪异现象。 这是由书中带着负面情绪诞生的“侵蚀者”所导致的灾难。 被侵蚀的文学书，会逐渐地从人们记忆中消失，最后变得像是从一开始便不曾存在过一样。 于是，有特殊能力的“炼金术师”作为特务司书被派遣至图书馆， 为了对抗破坏书 中世界的“侵蚀者”、为了守护文学，与转世的文豪们一起战斗。
在未来世界，温室效应令全球水位上涨，很多地区被淹没在海洋里。
主人公是居住在某个海洋都市里的15岁少女水树玛依雅是一位十分优秀的海洋厅后备人才，模拟考试笔试第一，正式考试的操作也是第一，面试时也十分自信，可就是这样一位优秀的人才居然落榜了。刚刚失去唯一的亲人、相依为命的爷爷，又没顺利进入海洋厅的玛依雅，可谓是穷困潦倒，由于意外的事件就职在了环绕海洋都市展开工作的小型私人连锁企业All Round Service 也就是“什么都做的公司”的尼丽德支店，然后开始了在尼丽德公司工作、冒险生活。
从鬼的尸体中诞生的少年，手持名为“鬼切丸”的日本刀。渴望成为人类的少年深信斩尽所有魔鬼后自己就会变成真正的人类，但由人类的悲、憎、怨等负面感情衍生的魔鬼岂能斩尽杀绝？追踪着世间漂浮的鬼气，少年继续着与魔无止境的战斗。
