影片设定在《阿凡达》的剧情落幕十余年后，讲述了萨利一家（杰克、奈蒂莉和孩子们）的故事：危机未曾消散，一家人拼尽全力彼此守护、奋力求生，并历经艰险磨难。 杰克和奈蒂莉组建了家庭，他们的孩子也逐渐成长，为这个家庭带来了许多欢乐。然而危机未曾消散，萨利一家拼尽全力彼此守护、奋力求生，最终来到潘多拉星球临海的岛礁族寻求庇护。岛礁族首领特诺瓦里与罗娜尔为萨利一家提供了庇护所，这个部族的成员都是天生的潜水好手，也和海洋中的各种生物建立了密切联系。
一位名叫玛德瓦的村民爱上了帕尔瓦蒂，并由此发现了情感和人际纽带。当他敞开心扉去面对生活和人际关系时，与敌对家族的冲突考验着他新获得的理解。
蓝精灵村庄每日载歌载舞一片欢乐，直到蓝爸爸（约翰·古德曼 John Goodman 配音）被格格巫绑架打破了平静，蓝妹妹（蕾哈娜 Rihanna 配音）带领蓝精灵勇闯现实世界，用魔法和智慧开启冒险。
