自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
为了成为一名出色的神仙，家族长男神山佐间太郎（岸尾大辅 配音）和一干神之家人来到人间开始了他们的修行。结果，在父母过分的溺爱以及姐姐和妹妹的捣乱下，佐太郎居然成为了一个对什么事情都打不起精神的颓废男，眼看着离自己最初的梦想越来越远，这可怎么办才好？ 神仙也要上学呀。某一日，佐太郎的班上转来了一个孱弱的美少女小森久美子（前田爱 配音），久美子的出现让佐太郎眼前一亮立刻坠入了爱河。就算是为了让久美子获得幸福，也要加倍努力啊！就这样，重新振作起来的佐太郎对父母隐瞒了自己陷入恋情的消息，决定靠自己的力量，成为能够配得上久美子的神仙。
