第二部里，张大勇（陶大宇饰）与李忠义这对默契排档继续与狡猾凶狠的罪犯斗智斗勇。感情方面，大勇与高婕（郭可盈饰）成为斗嘴情侣，感情稳定增长。新来的女警员蓝嘉文（郭霭明饰）单纯善良，暗恋大勇并主动示爱。令大勇和高婕的问题出现新的危机。此时，高婕发现嘉文过去曾在外国因为三角恋而放火杀人，正当要揭发这一段过去时，高婕的朋友离奇被杀。嘉文对过去的矢口否认也不像假装，大勇与高婕的误会加剧，事情的真相扑朔迷离。
为了争夺名震江湖的《连城诀》，同门师兄弟戚长发（于东江 饰）和万震山（杜志国 饰）之间展开了激烈的交战，并将狄云（吴樾 饰）和其恋人戚芳（何美钿 饰）卷入其中。在万震山的设计之下，狄云含冤入狱，而戚芳则含恨嫁给了万震山之子万圭（钱泳辰 饰）。狄云在狱中结识了大侠丁典（王海地 饰），两人结为莫逆之交。之后，狄云越狱，在机缘巧合之下练就神功，名震江湖。为了报仇雪恨，狄云找到了万震山和万圭，将他们封入墙中，哪知道善良的戚芳心软放出了万圭，却反而死在了丈夫手下。狄云陷入了绝望之中，幸得水笙（舒畅 饰）一路照拂安慰，两人之间渐渐产生了真挚的情谊。
游戏设计师祝遥不慎打开还在开发中的“次世代VR系统”，却意外进入游戏世界，好不容易被仙界第一美男玉言尊上收为徒弟，结果又撞上一成不变的非玩家角色，发生了一系列啼笑皆非的故事。
杨树（张嘉译 饰）人到中年，独自抚养着十八岁的女儿杨树苗（关晓彤 饰），树苗正是叛逆的年龄，张扬不羁的她和保守老实的杨树之间产生了诸多的矛盾。杨树是女老板唐红（闫妮 饰）的司机，尽管唐红才貌双全，但个性清高的她至今依旧单身。随着时间的推移，唐红渐渐爱上了踏实善良的杨树，但身份的巨大差异成为了坚实的屏蔽横亘在两人之间。 在树苗的撮合之下，杨树结识了名叫顾菁菁（江疏影 饰）的年轻女子，顾菁菁对杨树一见倾心，杨树也因为顾菁菁和自己的前妻十分相像而对其心生好感。眼看着顾菁菁和杨树之间的距离越走越近，唐红的心里很不是滋味。
本剧改编自耳雅同名小说《S.C.I.谜案集》，讲述了一场正义与邪恶的生死较量的故事，我们一路光明，是因为有人竭力抵挡黑暗。学术究竟是什么？是花哨的幻术，还是杀人于无形的法术，亦或只是哗众取宠的招数？白羽瞳、展耀领衔S.C.I.为你解开环环相扣的谜案。
