在并不遥远的未来，人类文明高度发达，外星殖民不再是幻想。然而相对高度发达的科技，娱乐事业却受到前所未有的压制。艺能活动被认为具有蛊惑和腐蚀人心的恶劣影响而遭到当局禁止。好在渴望娱乐的种子仍在发芽，名为AKB0048的偶像团体志愿为所有蓝花星的人民送去快乐和梦想，她们顶住当局的压力举行非法演唱会，并公开招募第77期研究生。受到偶像感召，本宫凪沙（岩田华怜 配音）、园智惠理（渡边麻友 配音）、蓝田织音（仲谷明香 配音）、横沟真琴（三田麻央 配音）等满怀青春梦想的女孩相继报名。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
主人公铃原 美咲（みさき）为就读初中投奔居住在东京的阿姨.刚刚抵达东京的美咲被车站大荧屏上的机械天使对战所吸引.在一位穿着白大褂的男子怂恿下购买了一枚机械天使的卵.之后美咲从这个天使之卵开始培育出了属于自己天使 小光（ヒカル）.并与小光一起开始了天使领域的对战,在这期间她结识了新的朋友,也不断超越着过去自己,最终在天使领域全国上取得了优胜.
