在风之街“风都”，左翔太郎、拍档菲利普以及所长鸣海亚树子三人经营着侦探事务所。看似一片和平的风都背后，神秘组织在地下流通着能让普通人变成Dopant的“恶之盖亚存储条”。而造成众多离奇事件的神秘组织核心“园咲家”的每个人，都在风都有着很大的影响力。挑战Dopant们引发离奇事件的翔太郎和菲利普两人，使用六根“盖亚存储条”合体变身成假面骑士W，决然地对抗着园咲家族。园咲家族的目的到底是什么？假面骑士W、菲利普神秘的过去又是什么？隐含着众多谜题，假面骑士W的战斗拉开帷幕……
本季故事发生在首季的78年后。首尔，2024年。尹采玉（韩韶禧 饰）遇见长相酷似张泰尚的张浩载（朴叙俊 饰），悬而未决的谜团揭晓，命运又会如何捉弄两人？
亚茨拉斐尔（麦克·辛 Michael Sheen 饰）是守卫城门的天使，而克劳利（大卫·田纳特 David Tennant 饰）则是堕落的恶魔。两人几千年来都一直隐姓埋名生活在人间，并且通过不断的尝试，在天堂和地狱之间建立了井水不犯河水的互惠互利的关系。克劳利奉撒旦之命，将婴儿敌基督送到修道院，同美国外交官的新生儿做交换，当敌基督长到11岁时，就是世界末日来临之时。为了防止世界被毁灭，亚茨拉斐尔和克劳利决定通过影响这个孩子的善恶观念来避免世界的终结。在努力了11年之后，两人震惊的发现，他们竟然弄错了对象，而真正的敌基督此时生活在一个名为塔德菲尔德偏僻小镇中。
中国奇书《推背图》是唐初李淳风与袁天罡合撰，预言历代变革之事，准确灵验。唐太宗翻看此书后，大为赞赏，重赏李淳风，袁天罡因妒忌李淳风夺其功，怀恨在心。太宗死后，两人更将《推背图》图、文分家，两家成为世仇。而《推背图》从此绝迹民间。数百年后，两家后人阴差阳错结成夫妇……
杨康的儿子杨过（古天乐 饰）自小被郭靖收养，郭靖希望他学好，于是送到了桃花岛跟黄药诗学习。杨过在桃花岛上整日被郭芙和大、小武欺负，一气之下独自出走了。杨过被古墓派的小龙女（李若彤 饰）收留，认她作姑姑，生活在活死人墓里跟小龙女学习武功，日久天长，两人渐渐互生情愫，决定今生今世结成夫妻，永远生活在古墓。可惜机缘巧合下，他们最终要走出活死人墓，去经历一番江湖恩怨，两人最后能否有情人终成眷属？
