在人界，存在着从人们的梦想和希望中横溢而出的力量“纯心”。纯心对魔法界而言，是力量的源泉。邪魔界的邪魔男爵企图征服魔法界，组织起“邪魔邪魔团”（无理太郎、无用子、无望之丞），开发出让人放弃梦想的“放弃之石”，来到了人界。 为了阻止邪魔界的野心，为了保护人们的梦想和希望，魔法界的魔法教母，将提娅拉派往人界。提娅拉经营的宝石商店成为了连接魔法界与人界的桥梁。 提娅拉所带来的魔法战士美月与凛和精灵・魔可喵一起把因“放弃之石”而堕落的人类“弃梦者”净化
4年了，距离那场私人武装组织——天人与人类联盟军的决战过去4年了。天人组织消失了，世界从3个巨大的国家联盟统一为一个联合政府，世界已经统一。但是，这只是表象。表面的政治统一，但军方秘密组织A-LAWS在暗中从事武装镇压，镇压所有反对联合政府的组织与团体。这样的世界，没有改变。人类依然没有从战争、纷争、矛盾之中解脱出来。天人组织再次回归！高达驾驶员刹那•F•清英驾驶新型号的机器人——高达00再次武力介入。这次，天人组织要面对的不仅是A-LAWS的机动战士部队，还有神秘组织变革者——其首领里冯兹正在计划一个更大的阴谋！《机动战士高达00》系列动画片第2季。
