22世纪前夕，地球人口剧增，生存资源极度匮乏，为抢夺地外资源，各国掀起新的军备竞赛。宇宙最强军事商业联盟大夏联盟，属下三大最强舰队：北洋、昆仑、三足乌舰队，此外还有几千个中小型舰队，其中舰队的主战力为仙女武装适用者。靠这些舰队开拓收集地外资源，才供养得起六百亿人的社会。但同时人类社会内部资源争夺战也从未停止。故事主人公从一个失业大学生逐渐成长为统领一方的舰队总管，带领仙女们血战星域，维护心中的正义。
从忍者村逃出的女忍者佐藤子在都市中晕倒，被路过的女高中生木叶所救。然而，这只是暂时的，因为佐藤子被村里的追捕者发现了。然而，木叶却轻松击败了追击者。 ……她的真实身份，竟然是杀手！一个天真的女忍者和一个刺客女高中生开始了她们危险的生活！
文久三年。倒幕派击败了佐幕派，刀剑的时代宣告结束―――幕末时代。 作为刀剑男士的堀川国广和曾经一同被主人用作战斗武器的和泉守兼定，奔跑在雨中的山路。 刀剑男士在审神者的激励下，开启了付丧神的道路。他们的使命是将企图改变历史的时间溯行军打倒，以守护“正确的历史”。 与陆奥守吉行、药研藤四郎、蜻蛉切、鹤丸国永这些新的伙伴一起，在动荡的时代投身到与时间溯行军的战斗中。 刀刃挥舞，刀光剑影。刀剑男士、即刻出阵
