人类殖民星球遭到外星人库克托尼亚人的袭击，守护驻军被消灭，留下 13 名儿童。故事讲述他们乘坐地球军事训练舰“Janus”号，与使用名为“Roundburnians”的人形武器的外星人作战，以拯救被外星人俘虏的家人和朋友。故事根据儒勒·凡尔纳的小说《两年假期》（男生称之为“两年假期”）改编。宇宙版《少年的假期》的构思是在《机动战士高达》的企划过程中产生的，但随着《高达》走向了不同的方向，本作是以此为主题的新动画，因此富野由悠季的名字被冠以“原作作者”之名。
以超新星为代表的众多海贼纷纷现身世界最大的海贼庆典——海贼万博会。草帽一伙也收到了主办者费斯塔的邀请函，搭乘万里阳光号前往。原以为海贼们的狂热万博会只是为争夺“海贼王哥尔·D·罗杰留下的宝藏”，就在神秘宝藏争夺战如火如荼之际，阻挡在路飞等人面前的可怕威胁道格拉斯·巴雷特突然现身！暗藏阴谋的敌我混战一触即发……
