健二和雪希是情同手足的兄妹两，日和是两人青梅竹马的好友，三人常常聚在一起打发空闲的时光，留下了十分美好的童年回忆。然而，某一天，日和突然不告而别，没有留下任何联系方式，也没有告诉健二和雪希自己要搬到哪里去。就这样，日和仿佛蒸发了一样从兄妹两人的生命轨迹中消失了，两人关于日和的记忆也随着时间的流逝而渐渐淡去。 一晃眼多年过去，健二和雪希都考上了高中，即将开始洋溢着青春气息的高中生活。一天，健二房间的衣橱里发出了奇怪的声音，让健二没有想到的是，打开衣橱后，里面躲着的竟然正是日和。和他的突然消失一样，日和突然回到了健二和雪希的身边。
1800年的日本，活跃着一位头戴黑色假面的男子，他使用着新式的强力武器——“侍铳”。由于他一贯疾恶如仇，所以平民百姓称他为义贼。事实上，他真正的身份是幕府的敌对势力“养成堂”秘密培养的战士，拥有超常的耐力与反应速度。在风云动荡的幕末，在一场场险恶的战斗中，包括主人公在内，所有人的信念都经受着前所未有的考验！
随第22卷漫画同捆发布的OVA，内容为番外福利"Darkness篇"&炒饭对决。
以《最终负荷实验》为名，将Underworld全土卷入的《人界》军与暗之军势的战争。 战局逐渐转变为企图夺取《光之巫女》爱丽丝的《黑暗领域》军加百列一派， 与致力于守护Underworld的《人界》军亚丝娜等人之间的战争。 在桐人仍然沉睡于精神世界的深处之时，《暗黑神贝库达》即加百列 从现实世界中让数万美国玩家登录，企图一举歼灭《人界》军。 相对地，亚丝娜等人利用以Underworld创世神冠名的3个超级账号展开对抗。 获得了《创世神史提西亚》超级账号的亚丝娜， 和《人界》军一同与美国玩家展开死战， 而获得了《太阳神索鲁斯》超级账号的诗乃，则追赶着带走了爱丽丝的加百列。 随后，获得了《地神提拉利亚》超级账号的莉法，也抵达了Underworld。 不仅如此。呼应了莉兹贝特充满气势的演说的《ALO》玩家们， 将千锤百炼的角色进行转移，加入《人界》军一方参战！ 这场大战不只关系到Underworld的存续。 还是赌上了作为究极AI的自律学习型人工智能，甚至人类未来的战斗。 而大战的终点，如今正握在沉睡中的一名少年——《黑色剑士》的手中。 《Alicization》篇，在此完结！
明日岛虽然鼓励创新，但新技术存在着很高的风险，同时明日岛也面临着很多自然灾害。面对各种危机，由代表科学（S）的赛拉斯、技术（T）的甜甜、工程（E）的爱迪、艺术（A）的阿力、数学（M）的曼妮莎和运动（！）的小金组成的超学先锋就会挺身而出，赶往救援的第一线。在塞拉斯的指挥下，队员们分工合作，利用各种科学知识解决各种麻烦。在处理危机的过程中，队员们可能会产生观点和行动上的分歧，但最后大家总能坚持团结合作精神，并找到解决问题的最佳方案。而人工智能百变校巴作为超学先锋的重要成员，也会变身各种工程车，助力救援行动。
