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故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，一名外星人意外从宇宙坠落，他手持有着象征身份的红色宇宙回旋镖“奥美迦头镖”，并有着“究极”的称号。 失去过往记忆的外星人 “奥美迦” 化身为地球人模样，被人称为“宙人”。初到地球的宙人，对人类充满好奇，积极主动地接触和了解这些陌生的生命体。 当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人认出这些生物正是记忆中的 “怪兽”。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽展开战斗。 与此同时，地球上的人类对突然现身的巨型生物，以及手持红色头镖与之战斗的巨人充满疑惑。为探寻真相，人类开始从各个角度观察这位神秘巨人。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。作品将通过他们之间的羁绊与经历，深度探索 “奥特曼为何要守护地球” 这一问题的答案。 现在正是觉醒之时。
景云霄本是龙域大陆至高无上的轮回大帝，遭受他人暗算时，施展五转轮回决重生成为红叶镇景家的一名少年。利用前世记忆，景云霄帮助景家解决了黑龙寨之危，但爷爷景御风也因此伤重。无奈之下，景云霄只能肩负起拯救家人的重任，只身来到荒石城寻药。
King Sombra曾经统治小马国边缘的水晶王国，带来了无尽的苦难。后来他被塞拉斯迪亚公主和露娜公主联合击败，变成阴影，并被放逐。 一千年后，King Sombra卷土重来，想要重新统治水晶王国。大公主希望暮光闪闪一行去保护水晶王国，免受King Sombra的再度袭击。他们克服重重困难和阻挠，去保护水晶王国，并让那里再度恢复生机。
