《晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
星星球的球长被大小怪和新搭档--嚯哈哈袭击昏迷不醒。百事通老师探到，只有在一本记录中古时期风土人情的神秘书中找到风火雷冰四根魔杖，才能救球长。为了球长，超人们来到中古小镇，在当地居民和国王的帮助下，利用有限的线索寻找由国师笑哈哈遗留下来的魔杖。大小怪不想让超人得到魔杖，也去到小镇，在嚯哈哈的帮助下伺机阻挠超人寻找魔杖。最后，超人们集齐魔杖，利用其力量救了球长，再一次挫败了大小怪的阴谋。
艾莉丝消失后过了几个月。鲁迪乌斯尽管内心感到空虚，还是为了寻找母亲塞妮丝，来到巴榭兰特公国的第二都市罗森堡。胸中抱着强烈孤独感的鲁迪乌斯原本打算单独行动,却受到路上认识的队伍半强迫式的邀约，和他们一起处理委托..... 「我不能自暴自弃，该去做那些必须做的事情」。历经千辛万苦后，对于和艾莉丝分离一事应该已经做出决断。然而，这件事却在意外的方面侵蚀鲁迪乌斯..….... ?
