一座终年不见阳光的光之城中，林风（董文瀚 饰）自小受父亲氦博士的影响，意识到光之城并非人类的避难所，已经变成一个牢笼困住了人类。林风组成战斗联盟不惜铤而走险，与幕后大老板氪先生殊死决斗，并将阳光重新带回光之城。
年轻外科医生肖恩·墨菲（弗莱迪·海默 Freddie Highmore 饰）患有自闭症和学者综合症，他在著名的圣文德医院持续发挥卓越的医疗天赋，与此同时也在生活中不断成长。
かわぐちかいじの同名マンガを映画化した「沈黙の艦隊」の続編にあたる物語が後半で紡がれる。
