《恩怨》讲述了大学毕业生高晓敏本已分配到某研究所，却在报到时得知被他人取代，又不愿回到偏僻的乡村，便流荡在省城。先应聘到某娱乐城做经理助理，谁知娱乐城经理却是个色狼，高晓敏该如何面对？最终高晓敏还是迫不得已离开了娱乐城，应聘到彩虹巾被厂厂长何东强家做保姆，朴实、漂亮、聪颖的高晓敏很快博得了何东强的好感，被聘为巾被厂的正式职工。却又引起了女主人郭丽琴的猜疑，加之一些不怀好意的小人的卑鄙陷害，使何家掀起轩然大波，儿子何军离家出走、何东强心脏病发作死在医院，郭丽琴意外高位截瘫，高晓敏也精神失常。彩虹厂一片混乱，娱乐城经理乘人之危，想吞并彩虹厂。病愈后的高晓敏重整旗鼓，与何军一起挫败了娱乐城经理的阴谋，将彩虹厂办得红红火火。
蛮荒时代，在火山、洪水、野兽肆虐的环境之中，人类的部落之间为抢夺生存环境和生活资料而相互争斗、频繁厮杀。被雷神强暴的华胥，在激流中生下一个孩子，一条鳄鱼把婴儿驮到岸边。正祭祀的鹿部落救起了这个孩子，起名“伏羲”。伏羲长大后，在部落混战中主持正义扶贫弱，以仁爱之心博得了各部落拥戴，建立了强大的龙部落，并娶女娲为妻。随后，在与天斗、与地斗、与人斗的恶劣环境中，伏羲又发明了织网捕鱼，创制“八卦”，制定婚娶制度，为创建人类远古文化做出了巨大贡献。
该剧是一部基于想像的虚构历史剧。处于王权及政权斗争中的君王李仁（曹政奭 饰）和魅力十足的女人姜熙秀（申世景 饰）纠缠在一起，而后她隐藏的复仇欲望转变为意想不到的爱意。
