公历2061年，日本被4个世界主要经济圈分割统治、支配，日本人作为从属国的人民，每日过着悲惨的生活。也因各经济圈投放的人型特殊机动兵器AMAIM，使日本成为世界的最前线。喜欢机械的少年椎叶アモウ，某日与自律思考型AI「ガイ」相遇。以此为契机，アモウ坐上自己组装的AMAIM「ケンブ」，投身于夺回日本的战斗之中。
斗罗最终战的二十年前，武魂殿曾阴谋一统整个魂师界，吞并所有宗门，七宝琉璃宗首当其冲，陷入危难，骨斗罗带着宗门少主—五岁的宁荣荣请剑斗罗出山相救，于是剑斗罗尘心带上小荣荣踏上了一条生死逃亡路，然而他们所不知的是，这条路的背后竟是一场将会影响斗罗大陆的巨大阴谋……
