这是一个当人类仍鲜少与宝可梦亲近生活的遥远过去的故事。 在前往洗翠地区的船上，晓星想起和父亲初次去那个地方的时候。 「人和宝可梦是不能共存的」 幼小的晓星被父亲这样教导著。 就在此时，在被雪覆盖的森林中和晓星相遇的是一只洗翠的样子索罗亚――。 人真的不能和宝可梦共存吗？
32年前的审判之日，空间被撕开裂缝，异界怪物入侵，不到1个月，世界人口少了30亿，在末日到来之际，人类中出现了“异能者”，正因有了这些异能者，人类也开始了对怪兽的反击，为了阻止从传送门中入侵的怪物，人类为了培养猎人，1：1000的求生游戏——《失落之城》上线，游戏中拥有不败战绩的玩家“未知者”，阴差阳错成为了现实世界的猎人，展开了他的拯救世界之路。
九千年前，仙武帝尊率领百万神将打入太古洪荒，却无一人归来，只有一缕真火遗留世间。九千年后，门派废徒叶辰，被赶出宗门，无以为家，机缘巧合之下偶得真火，再踏仙武之路。这是一个神魔仙佛并立的世界，这是一个诸天万域混乱的年代，叶辰的逆天征途，由此开始。
